La investigación científica que se realiza en el Departamento de Geofísica Aplicada tiene dos vertientes: los estudios para comprender procesos geofísicos locales o regionales, y aquellos trabajos de metodología, en los cuales se proponen ideas y técnicas para mejorar la realización de los estudios.
Por vocación y posición geográfica, las investigaciones tienden a concentrarse en la península de Baja California y sus alrededores, incluyendo el piso oceánico de sus mares aledaños. Sin embargo, también se trabaja en el resto del país y en el extranjero, generalmente en problemas estrechamente relacionados con nuestro entorno más inmediato.