La División de Oceanología está integrada por cinco departamentos: Acuicultura, Ecología Marina, Oceanografía Biológica, Oceanografía Física y Embarcaciones Oceanográficas. La misión de la división tiene tres vertientes complementarias: realizar investigación científica acerca de los procesos físicos, químicos, geológicos y biológicos que tienen lugar en el medio ambiente; formar recursos humanos altamente especializados a través de programas de posgrado a nivel maestría y doctorado, e integrar paquetes de transferencia tecnológica que permitan la aplicación del conocimiento generado. El objetivo de la división es incidir en la formulación de estrategias adecuadas que permitan aprovechar y conservar los recursos naturales, contribuyendo así a la solución de problemas regionales, nacionales y globales.