El Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada (CICESE) fue la segunda institución creada por el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT) para descentralizar las actividades científicas y tecnológicas en México.

El decreto presidencial de creación del CICESE, publicado el 18 de septiembre de 1973, lo define como un organismo descentralizado de interés público, con personalidad jurídica y patrimonio propios para realizar “investigación científica básica y aplicada inicialmente en los campos de la geofísica, oceanografía física, física e instrumentación, principalmente orientadas a la a la solución de problemas nacionales y en particular a los regionales de la península de Baja California, así como a las actividades docentes en estas áreas de la ciencia en los niveles de maestría y doctorado”.

El contexto que permitió crear al CICESE a principios de los setentas es muy diverso, pero destacan, entre otros aspectos: una política nacional por descentralizar la investigación científica, la presencia de la Escuela Superior [hoy Facultad] de Ciencias Marinas de la Universidad Autónoma de Baja California (UABC) y la cercanía del Scripps Institution of Oceanography (SIO); la decisión, en 1970, de la UNAM de construir el Observatorio Astronómico Nacional en la sierra de San Pedro Mártir; la intensa actividad tectónica y sísmica de la península de Baja California y del golfo de California que justificaba la realización de estudios en las ciencias de la Tierra, y el requerimiento por desarrollar instrumentación electrónica y óptica como apoyo a la UNAM y a la investigación oceanográfica y geofísica del nuevo centro.

El primer director del CICESE fue el Dr. Nicolás Grijalva y Ortiz, quien fue substituido en 1975 por el Dr. Saúl Álvarez Borrego. Le siguieron en el cargo los doctores Mario Martínez García (1989-1997), Francisco Javier Mendieta Jiménez (1997-2005), Federico Graef Ziehl (2005-2015), Silvio Guido Lorenzo Marinone Moschetto (2015-2021) y David Hilario Covarrubias Rosales quien se mantiene hasta la fecha como director general del centro.

Desde su creación, el CICESE se ha dedicado a formar maestros y doctores en ciencias en las áreas académicas de su competencia.

El desarrollo institucional ha permitido pasar de un esquema académico que contemplaba originalmente tres programas de maestría (en Oceanografía, en Geofísica y en Física Aplicada), a un padrón integrado por 16 posgrados que cubren todas las áreas de investigación que actualmente se cultivan, y de los cuales egresan anualmente, en promedio, 80 estudiantes de maestría y 20 de doctorado.

La integración del campus que actualmente ocupa este centro, comenzó a desarrollarse alrededor de 1977.

Gradualmente se fueron adquiriendo terrenos y construyendo edificios, hasta ocupar las más de 15 hectáreas que hoy se tienen, en las cuales se asientan ocho modernos edificios que albergan aulas, cubículos y más de 115 laboratorios bien dotados con equipo científico.

Evocando una verdadera ciudad universitaria, este campus es actualmente sede de varias facultades e institutos de investigación de la UABC, del Instituto de Astronomía y del Centro de Nanociencias y Nanotecnología de la UNAM, y de las cuatro divisiones académicas del CICESE (Biología Experimental y Aplicada, Ciencias de la Tierra, Física Aplicada y Oceanología).

Con el objeto de extender las labores de investigación hacia el sur de la península, el CICESE fundó en 1996 la primera de sus unidades foráneas en La Paz, Baja California Sur.

La segunda, en Monterrey, Nuevo León, se creó en 2001.

Actualmente el CICESE es un Centro Público de Investigación el más grande de los 27 que integran el Sistema de Centros Públicos de Investigación del Conacyt.